2015. aastast ilmuvad Novaatori uudised Eesti rahvusringhäälingu veebilehe teadusrubriigis ERR Novaator (novaator.err.ee).

Novaator - Geenikiip võib kopsuvähi diagnoosi oluliselt täpsustada
09.06.2012 11:50

Geenikiip võib kopsuvähi diagnoosi oluliselt täpsustada

Merilyn Merisalu
Skype:
merilyn.merisalu@ut.ee
Loe kommentaare (0)
Samal teemal (3)
Tagasi
Edasi

Mitteväikeserakulise kopsuvähi ja terve kontrollkoe võrdlus. Rohelisega on tähistatud alla ja punasega üles reguleeritud markerid.

Foto:

Kogu maailmas käivad praegu uuringud, et leida igal kontinendil sarnaselt toimivad geenimustrid, mille abil saaks üheselt täpsustada patsientide kopsuvähi diagnoose ning ennustada täpsemalt haigete elu pikkust ja neile sobivat ravi.

Üks Eesti arstidest, kes on selle teemaga pikalt tegelenud, on Tartu Ülikooli kopsukliiniku torakaalkirurgia endine assistent Tõnu Vooder, kes täiendab end järeldoktorina praegu Saksamaal. Tema eelmisel aastal kaitstud doktoritöö mitteväikerakulise kopsuvähi histoloogiliste alatüüpide molekulaarsetest erinevustest ja sarnasustest käsitles põhjalikumalt ka nn kopsukiibi loomise ja võimalustega seotud küsimusi.

«Uurimustöös kasutasime umbes ühe ruutsentimeetri suuruseid mikrokiipe, kõikidel neil on kindlatel kohtadel 46 000 geenitäppi, millega konkreetselt patsiendilt võetud proov reageerima ja mustreid moodustama hakkab,» selgitas Vooder.

Kõigepealt tuleb patsiendilt võtta vähikoe proov. Sellest eraldatakse RNA, millest sünteesitakse DNA ja sellest juba värvitud RNA-ahel, mis hakkab kiibilt endale sarnaseid paarilisi otsima. Pesemise teel eemaldatakse mittepaardunud RNA lõigud ning arvuti abil selgitatakse välja muster, mida analüüsides saab vähi kohta täpsemaid andmeid.

Igale patsiendile oma kiip

Iga patsiendi proovi jaoks kasutatakse eraldi kiipi ning nende mustreid omavahel võrreldes saab välja tuua patsientide haiguse erinevusi ja sarnasusi. Mustris kõige rohkem väljendunud komponent võimaldab esiteks määrata ära vähitüübi. Lisaks sellele on võimalik määrata, kuidas mingi mustriga patsient eri ravimeetoditele reageerib ning kui kaua ta umbes veel elada võib.

Vooderi sõnul on oluline materjal ka lisainfo patsientide elustiili ja keskkonnatingimuste kohta. Näiteks võib omavahel kõrvutada väga kaua või hoopis väga vähe elavate vähihaigete kiipe ning uurida, mis on nende mustrites ja elutingimustes sarnast, et nad nii kaua või vähe elavad.

«Olemas on prognostilised ja prediktiivsed geenid ja ka kiibid. Prognostilised näitavad prognoosi, kui kaua inimene ligikaudu elab, prediktiivsed näitavad tundlikkust või tundetust mõne ravimi või ravimeetodi suhtes,» täpsustas Vooder.

Vähi kui kattekudede pahaloomulise kasvaja liigi määramiseks on oluline teada, millisest koest see konkreetse juhtumi puhul alguse saab. Kuna eri vähitüüpidel on erinev ravi, saab juba liigi määramisega välja tuua, milliseid ravivõimalusi kaaluda. Mõni kiip aitab välja selekteerida ka inimesed, kes ravi ei vajagi.

«See ei tähenda n-ö lootusetult haigete selekteerimist, keda «pole mõtet» ravida, vaid hoopis seda, et mõned inimesed saavad ainuüksi operatsiooniga terveks ja elavad ilma keemiaravita palju kauem ja palju paremini,» selgitas Vooder. Mõnele patsiendile seevastu ei pruugi lõikus sobida ja aidata võib ainult keemiaravi.

Mikrokiibid saab laias laastus jagada kaheks: paljude geenielementidega teaduslikuks uurimiseks mõeldud kiibid (nagu Vooderi doktoritöös kasutatud 46 000 geenitäpiga kiibid) ning ka äriliselt kasutatavad diagnostilised kiibid, kus geenielemente on palju vähem, keskmiselt 25–100, ning mille põhieesmärk on välja selgitada patsiendi reaktsioon ravile.

Geeniarvu vähendamiseks on mitmeid meetodeid. Näiteks võib kiibile alles jätta geenid, mille ekspressioon on normist vähemalt kaks korda suurem või väiksem. Valikutingimuste karmistamisel tuleb aga silmas pidada geenimustreid, mille konkreetsed piirid peavad võimalikult selgeks jääma.

Kuigi kopsuvähi puhul ei ole veel jõutud sellise kiibini, mille algelementide muster töötaks samadel tingimustel näiteks nii Eestis, USA-s kui ka Hiinas, on rinnavähi täpsemateks uuringuteks kiibid juba olemas ning neid kasutatakse ka kommertseesmärkidel.

Hollandis arendatud kiibil MammaPrint on 70-st ning kiibil Oncotype DX 21-st geenitäpist koosnev muster. Mõlemad on prediktiivsed kiibid, mis ennustavad patsiendi ravimitundlikkust ning võivad eristada inimesed, kellele ei ole vaja keemiaravi teha.

Vähk - egoistlik tarbija

Vooderi sõnul on taoliste kiipide arengule kaasaaitamine kõigi biotehnoloogide suur unistus. Eesti vähiregistri andmetel on Eestis 660–720 kopsuvähi esmajuhtu aastas. Eesti meestel esinevate vähkide hulgas on haigestumine kopsuvähki juba paar aastat 2. ja naistel võrdlemisi stabiilselt 7.–8. kohal. Igal aastal lisandub maailmas ligi miljon uut haiget, mis muudab vähi diagnoosis vajalike kiipide arendamise ja tootmise nii teaduse kui ka äri seisukohalt väga oluliseks.

Vähkkasvajad käivad üldiselt kaasas vananemisega ning on üks organismi suremise viise. Vähirakk on nagu väike egoist, mis tarbib suurtes kogustes energiat iseenda paljundamiseks. Haiguse viimastes staadiumites muutub vähk inimese enda konkurendiks, tarbides ebaefektiivselt ära suurema osa energiast, mis on mõeldud normaalse elutegevuse tagamiseks. Vooder tõi sarnase tegevuse näiteks rahapakkidega ahju kütmise.

«Kopsuvähk on ka selline haigus, mille puhul tänapäeval siirdamisi veel teha ei saa, sest võõra elundi omandamiseks tuleks organismi kaitsevõime ajutiselt maha võtta, see aga annaks vähile võimaluse liiga kiiresti vohama hakata,» toonitas Vooder õige ravimeetodi leidmise tähtsust. Siirdamisel vähihaigele tuleksid kõne alla vaid kloonorganid, aga selle teemaga on seotud palju eetilisi probleeme.

Artikkel ilmus ajakirjas Universitas Tartuensis.

 

Roberto Ferrari/Flickr 12.12.2014 14:39

Vastupidavustreening mõjutab geenilüliteid (7)

Kuidas liikumine kehale head teeb?

kaibara87/Flickr 14.10.2014 14:13

Alzheimeri tõbi areneb ka katseklaasis

Neuroteadlastel õnnestus jäljendada aju laastava haiguse tekkimist.

16.06.2014 16:09

Hõbeda nanoosakesed võtavad sihikule vähi

Üliväikestest hõbeda nanoosakestest loodetakse tulevikumeditsiinis palju – nende abil saaks viia kasvajate diagnoosimise oluliselt täpsemaks või toimetada ravimeid kehas täpselt sinna, kus neid vaja läheb.

25.04.2014 20:08

Geeniravi taastab kuulmise

Viiruse küljes sisekõrva viidud geen uuendab vigaseid kuulmisrakke.

01.04.2014 14:33

Iidne viirus kontrollib inimese arengut

Ürgviiruse pärilikkusaine annab tüvirakkudele eristumisvõime.

19.03.2014 14:56

Mikroobid avastavad soolehaigusi

Muundatud geen annab bakteritele hea mälu.

17.02.2014 17:19

Spordipõlgus on pärilik (1)

Tugitoolisportlaseks sünnitakse.

13.02.2014 13:43

Kuidas ennustada vananemise kiirust?

Eluea pikkuse määrab mitokondrite töörütm.

05.02.2014 17:54

Eri suuruses närvivõrgud töötavad sama tõhusalt

Suurem hulk neuroneid ei pruugi liigutusi kiiremaks muuta.

17.01.2014 14:37

Ameerika mainekas teadusajakiri hindas Tartu molekulaarbioloogide tööd aasta läbimurdeks

Raku jagunemistsüklit juhtiva valgu töö detailne kirjeldus võib viia edasiminekuteni tehislike ja programmeeritavate rakkude loomisel.

09.01.2014 16:17

Ravimi abiga absoluutseks kuuljaks

Meeleoluhäireid ja langetõbe leevendav tablett muudab õppimise lapsemänguks.

27.12.2013 23:10

Tuttavate näod ei püsi meeles? Süüdi on geenid

Väike muutus hormooniretseptori geenis teeb nägude meeldejätmise raskeks.

18.12.2013 13:56

Iga nina tunneb lõhna erinevalt

Kas lõhn on meeldiv või vastik, sõltub tibatillukestest erinevustest inimese DNAs.

04.12.2013 16:37

Meestele mõeldud beebipill võib apteeki jõuda kümne aasta jooksul

Hormoonivaba tablett püüab spermid seemnejuhasse lõksu.

02.12.2013 15:00

Teadusajakiri võttis tagasi GMO-maisi ja vähki seostava vastuolulise artikli (2)

Andmete võltsimise kohta tõendeid ei leitud, kuid kirjastaja hindas tõendusmaterjali liiga nõrgaks.

28.10.2013 15:45

Näojooni kujundab rämps-DNA (1)

Vildakalt töötavad geenivõimendid võivad tekitada jänesemokki ja hundikurke.

Myriam Sanchez Foseca 13.10.2014 11:21

Teadlased tuvastasid söömishäireid mõjutava valgu (3)

Võimalik, et varsti saab söömishäireid diagnoosida vereanalüüsi abil.

03.06.2014 16:48

Iga neljas riskantset geenivarianti kandev suitsetaja haigestub kopsuvähki

Rinnavähiga seostuv muutus geenis BRCA 2 ning suitsetamine on tõeliselt ohtlik komplekt. Iga neljas suitsetaja, kellel on just see pärilik geenivariant, haigestub oma elus varem või hiljem kopsuvähki.

10.04.2014 18:37

Geenimanipulatsioon lubab elundeid uuendada (1)

Vananeva hiire harkelund muudeti uuesti nooreks.

28.03.2014 21:20

Valmis esimene tehislik pärmikromosoom

Laboris luuakse ühe keerukamaid eluvorme.

20.02.2014 18:53

Videomängija aitab haigustekitajaid avastada

Blu-ray kettad sobivad DNA-kiipide loomiseks.

16.02.2014 12:50

Väikese poisi geenid toovad selgust Ameerika asustamise loosse

Kust olid pärit Ameerika põlisrahvaste esivanemad?

12.02.2014 17:33

Eestlaste ja mehhiklaste andmed olid vaatluse all maailma suurimas geeniuuringus

Seni suurim täiskasvanuea diabeedi pärilike põhjuste uuring võrdles esimest korda eri rassidest inimeste andmeid.

03.02.2014 12:21

Uus test leiab klamüüdianakkuse 20 minutiga (2)

Eesti teadlased on välja töötanud uue lihtsa meetodi maailmas kõige sagedasema sugulisel teel leviva nakkuse, klamüüdia avastamiseks.

10.01.2014 20:31

Gruusia kadunud kuninganna otsingutega liitusid geneetikud (2)

Neljasaja eest Pärsias surnuks piinatud grusiinide kuninganna Ketevani säilmed võivad olla leitud, näitab pärilikkusaine analüüs.

28.12.2013 12:34

Eesti südamejuustu katsetati Moskva ülekaalulistel (1)

Eesti teadlaste leiutatud südamejuust langetab ülekaaluga kimpus olevate patsientide organismi veesisaldust ja vererõhku, näitasid Moskvas tehtud katsetused.

23.12.2013 15:53

Ida-Euroopa juutide päritolu sai selgemaks

Slaavi esiisa hüpotees ortodokssete juutide sugupuus osutus veaks.

13.12.2013 15:56

Spermatosoidist tehti robot

Seemnerakke saab juhtida nanotorude ja magnetiga.

03.12.2013 17:34

Rahuldamatus lühendab elu (2)

Seks on terviseks. Vähemalt äädikakärbeste puhul.

19.11.2013 17:52

Meie kehas pesitsevad neandertallastelt päritud viirused (3)

Osa inimese rämps-DNAst pärineb meie kaugeid eellasi rünnanud haigustekitajatelt.

 
Küsi teadlaselt
Teatavasti vee ruumala paisub nii soojenemisel (aurustumisel) kui ka jäätumisel. Oletame, et on üks anum, mis on vett täis ja on purunematu. Mis hakkab juhtuma siis, kui sundida sellel veel jäätuda?
Jaak Kikas, Tartu ülikooli füüsika instituudi direktor :

See on huvitav küsimus, millele täpse kvantitatiivse vastuse andmine polegi nii lihtne. Üldiselt aga võiks vastata nii: kui paisumisvõimalus puudub,

Loe edasi!
Esita küsimus Kõik
Tartu Ülikool
Idee
Veider teadus