2015. aastast ilmuvad Novaatori uudised Eesti rahvusringhäälingu veebilehe teadusrubriigis ERR Novaator (novaator.err.ee).

Novaator - Kartuli genoomijärjestus on kirjeldatud
11.07.2011 10:57

Kartuli genoomijärjestus on kirjeldatud

Jaak-Kristian Sutt
Skype: jksutt
jaak-kristian.sutt@ut.ee
Loe kommentaare (0)
Samal teemal (3)
Tagasi
Edasi

Foto: Wikipedia

Teadlastel õnnestus lõpuks järjestada kartuli keeruline genoom.

Harilik kartul Solanum tuberosum on maailma tähtsuselt neljas toiduvili ning sellel on oluline roll maailma toidujulgeolekus.

Kartul on riisi, nisu ja maisiga võrrelduna osutunud turul üllatavalt stabiilseks. Kui näiteks 2008. aastal nisu hinnad maailmaturul enam kui kahekordistusid ning 2010. aastal uuesti lakke tõusid, püsis kartuli hind samal ajal paigal.

Tavalise toidukartuli genoomi sekveneerimist on edasi lükanud selle geneetiline keerukus. Kartuli genoom koosneb enam kui 39 000 proteiini kodeerivast geenist ning see on äärmiselt heterosügootne autotetraploid, mis tähendab, et selle igast kromosoomist on neli koopiat ja sageli esineb ka iga geeni nelja vastava koopia seas arvestatavaid variatsioone. Inimese rakkudes on aga näiteks ainult kaks geenikoopiat.

26 teadusasutuse koostöös toimunud kartuli genoomi sekveneerimisel osalenud Briti teadlase Glenn Bryani sõnul muutsid selle töö võimalikuks erinevad tegurid, sealhulgas järgmise põlvkonna sekveneerimismeetodite kasutamine.

Otsustav oli aga sellist liiki kartuli leidmine, mille genoomi on võimalik adekvaatselt lihtsustada.

Teadlased kasutasid kartulisorti, mida ajakirjas Nature ilmunud uuringus nimetatakse DM. See erineb teatud määral teisest uuritud sordist RH, mis on kauplustes müüdavatele kartulitele lähedasem.

Lõuna-Ameerikas kasvatataval DMil on diploidne genoom ehk sellel on igast geenist kaks koopiat. Geneetikud valisid selle kartulisordi igast kromosoomist ühe koopia ja paljundasid neid, et saada kloon, milles igat paari moodustavad kaks geeni on identsed ehk homosügootsed, ning mida oli võimalik peaaegu täielikult sekveneerida.

Teadlased sekveneerisid ka arvestatava osa heterosügootsest diploidist RH, kuigi selle heterosügootsus ei võimaldanud terve genoomi järjestamist.

Bryani sõnul võimaldavad andmed kahe kartuliliigi kohta paremini mõista kartuli bioloogilist mitmekesisust.

Konsortsiumi uurimistöö kõige olulisemaks esialgseks tulemuseks on enam kui 800 haigustega võitleva geeni avastamine. Kõigil neil geenidel on potentsiaali võitluses kartulikasvatust laastavate haigustega, nagu näiteks kiduusside või lehemädanikuga.

Nende geenide väljaselgitamine võimaldab aretada paremaid kartulisorte, sest just tänu kartuli keerulisele geneetikale, on paremate mugulatega sortide aretamine siiani olnud äärmiselt raske.

 

Roberto Ferrari/Flickr 12.12.2014 14:39

Vastupidavustreening mõjutab geenilüliteid (7)

Kuidas liikumine kehale head teeb?

kaibara87/Flickr 14.10.2014 14:13

Alzheimeri tõbi areneb ka katseklaasis

Neuroteadlastel õnnestus jäljendada aju laastava haiguse tekkimist.

16.06.2014 16:09

Hõbeda nanoosakesed võtavad sihikule vähi

Üliväikestest hõbeda nanoosakestest loodetakse tulevikumeditsiinis palju – nende abil saaks viia kasvajate diagnoosimise oluliselt täpsemaks või toimetada ravimeid kehas täpselt sinna, kus neid vaja läheb.

25.04.2014 20:08

Geeniravi taastab kuulmise

Viiruse küljes sisekõrva viidud geen uuendab vigaseid kuulmisrakke.

01.04.2014 14:33

Iidne viirus kontrollib inimese arengut

Ürgviiruse pärilikkusaine annab tüvirakkudele eristumisvõime.

19.03.2014 14:56

Mikroobid avastavad soolehaigusi

Muundatud geen annab bakteritele hea mälu.

17.02.2014 17:19

Spordipõlgus on pärilik (1)

Tugitoolisportlaseks sünnitakse.

13.02.2014 13:43

Kuidas ennustada vananemise kiirust?

Eluea pikkuse määrab mitokondrite töörütm.

05.02.2014 17:54

Eri suuruses närvivõrgud töötavad sama tõhusalt

Suurem hulk neuroneid ei pruugi liigutusi kiiremaks muuta.

17.01.2014 14:37

Ameerika mainekas teadusajakiri hindas Tartu molekulaarbioloogide tööd aasta läbimurdeks

Raku jagunemistsüklit juhtiva valgu töö detailne kirjeldus võib viia edasiminekuteni tehislike ja programmeeritavate rakkude loomisel.

09.01.2014 16:17

Ravimi abiga absoluutseks kuuljaks

Meeleoluhäireid ja langetõbe leevendav tablett muudab õppimise lapsemänguks.

27.12.2013 23:10

Tuttavate näod ei püsi meeles? Süüdi on geenid

Väike muutus hormooniretseptori geenis teeb nägude meeldejätmise raskeks.

18.12.2013 13:56

Iga nina tunneb lõhna erinevalt

Kas lõhn on meeldiv või vastik, sõltub tibatillukestest erinevustest inimese DNAs.

04.12.2013 16:37

Meestele mõeldud beebipill võib apteeki jõuda kümne aasta jooksul

Hormoonivaba tablett püüab spermid seemnejuhasse lõksu.

02.12.2013 15:00

Teadusajakiri võttis tagasi GMO-maisi ja vähki seostava vastuolulise artikli (2)

Andmete võltsimise kohta tõendeid ei leitud, kuid kirjastaja hindas tõendusmaterjali liiga nõrgaks.

28.10.2013 15:45

Näojooni kujundab rämps-DNA (1)

Vildakalt töötavad geenivõimendid võivad tekitada jänesemokki ja hundikurke.

Myriam Sanchez Foseca 13.10.2014 11:21

Teadlased tuvastasid söömishäireid mõjutava valgu (3)

Võimalik, et varsti saab söömishäireid diagnoosida vereanalüüsi abil.

03.06.2014 16:48

Iga neljas riskantset geenivarianti kandev suitsetaja haigestub kopsuvähki

Rinnavähiga seostuv muutus geenis BRCA 2 ning suitsetamine on tõeliselt ohtlik komplekt. Iga neljas suitsetaja, kellel on just see pärilik geenivariant, haigestub oma elus varem või hiljem kopsuvähki.

10.04.2014 18:37

Geenimanipulatsioon lubab elundeid uuendada (1)

Vananeva hiire harkelund muudeti uuesti nooreks.

28.03.2014 21:20

Valmis esimene tehislik pärmikromosoom

Laboris luuakse ühe keerukamaid eluvorme.

20.02.2014 18:53

Videomängija aitab haigustekitajaid avastada

Blu-ray kettad sobivad DNA-kiipide loomiseks.

16.02.2014 12:50

Väikese poisi geenid toovad selgust Ameerika asustamise loosse

Kust olid pärit Ameerika põlisrahvaste esivanemad?

12.02.2014 17:33

Eestlaste ja mehhiklaste andmed olid vaatluse all maailma suurimas geeniuuringus

Seni suurim täiskasvanuea diabeedi pärilike põhjuste uuring võrdles esimest korda eri rassidest inimeste andmeid.

03.02.2014 12:21

Uus test leiab klamüüdianakkuse 20 minutiga (2)

Eesti teadlased on välja töötanud uue lihtsa meetodi maailmas kõige sagedasema sugulisel teel leviva nakkuse, klamüüdia avastamiseks.

10.01.2014 20:31

Gruusia kadunud kuninganna otsingutega liitusid geneetikud (2)

Neljasaja eest Pärsias surnuks piinatud grusiinide kuninganna Ketevani säilmed võivad olla leitud, näitab pärilikkusaine analüüs.

28.12.2013 12:34

Eesti südamejuustu katsetati Moskva ülekaalulistel (1)

Eesti teadlaste leiutatud südamejuust langetab ülekaaluga kimpus olevate patsientide organismi veesisaldust ja vererõhku, näitasid Moskvas tehtud katsetused.

23.12.2013 15:53

Ida-Euroopa juutide päritolu sai selgemaks

Slaavi esiisa hüpotees ortodokssete juutide sugupuus osutus veaks.

13.12.2013 15:56

Spermatosoidist tehti robot

Seemnerakke saab juhtida nanotorude ja magnetiga.

03.12.2013 17:34

Rahuldamatus lühendab elu (2)

Seks on terviseks. Vähemalt äädikakärbeste puhul.

19.11.2013 17:52

Meie kehas pesitsevad neandertallastelt päritud viirused (3)

Osa inimese rämps-DNAst pärineb meie kaugeid eellasi rünnanud haigustekitajatelt.

 
Küsi teadlaselt
Teatavasti vee ruumala paisub nii soojenemisel (aurustumisel) kui ka jäätumisel. Oletame, et on üks anum, mis on vett täis ja on purunematu. Mis hakkab juhtuma siis, kui sundida sellel veel jäätuda?
Jaak Kikas, Tartu ülikooli füüsika instituudi direktor :

See on huvitav küsimus, millele täpse kvantitatiivse vastuse andmine polegi nii lihtne. Üldiselt aga võiks vastata nii: kui paisumisvõimalus puudub,

Loe edasi!
Esita küsimus Kõik
Tartu Ülikool
Idee
Veider teadus