2015. aastast ilmuvad Novaatori uudised Eesti rahvusringhäälingu veebilehe teadusrubriigis ERR Novaator (novaator.err.ee).

Novaator - Kas geenidoonorite anonüümsust saab kaitsta?
21.02.2013 17:21

Kas geenidoonorite anonüümsust saab kaitsta?

Villu Päärt
Skype: villu.paart
villu.paart@ut.ee
Loe kommentaare (0)
Samal teemal (1)

Jaanuar tõi halva uudise maailma suurtele geeniuuringutele.

Massachusettsi tehnoloogiainstituudi teadlased näitlikustasid ajakirjas Science, et üht kindlat genoomipiirkonda jälgides on väga hõlpsasti võimalik välja raalida anonüümse geenidoonori perekonnanimi. Selleks piisab arvutist, internetiühendusest ja avalikes genoomikaandmebaasides leiduvast infost.

Jutt käib ühest korduvast lõigukesest Y-kromosoomis. See lõiguke pärandub isalt poegadele ja sealt omakorda edasi. Sellesama lõigukese põhjal teevad järeldusi kohtueksperdid, selle põhjal tuvastatakse isadust.

Teadlased näitasid, et piisab vaid, et võtta ette USAs laialt levinud avalikud genoomikaandmebaasid, kuhu huvilised saavad oma järjestatud genoomiandmeid üles laadida samal põhimõttel nagu kasutajad panevad Facebooki oma pilte ning üsna suure tõenäosusega on võimalik välja selgitada anonüümse geenidoonori perekonnanimi, sest keegi temaga sama perenime kandvatest sugulastest on oma genoomiandmed avalikustanud ning vaadeldava Y-kromosoomis asuva lõigukese sarnasus võimaldab teha perekonnanime tasemel järeldusi.

Seda muidugi eeldusel, et doonorit ei ole lapsendatud ning ta ei ole oma perekonnanime vahetanud.

Eriti hästi töötas nende eksperiment valgete kesk- ja kõrgklassi ameeriklaste puhul, kes ongi hobigenoomika peamine sihtrühm, kasvõi seetõttu, et nende sissetulekud võimaldavad geenijärjestust lihtsalt lõbu pärast tellida.

See oli kindlasti halb uudis suurtele geeniuuringutele, kuhu tihti kaasatakse kuni 200 000 anonüümset doonorit, tihti eri mandritelt ja paljudest riikidest. Ainult see võimaldab saavutada tõelähedast pilti, millised geenivariandid peituvad mõne haruldase haiguse taga.

Selliste kogu genoomi haaravate assotsiatsiooniuuringute puhul võetakse ette kõigi doonorite genoomijärjestused ning püütakse sealt leida teatud haiguse või tunnusega seotud geenivariante – üksiku nukleotiidi polümorfisme, mille puhul DNA-tähestikus on üks täht teisega asendunud.

Eesti Geenivaramu doonorite anonüümsuse tagab seadus ning ühtki varamus järjestatud genoomi pole ka internetis avalikustatud.

Tartu Ülikooli bioinformaatika professor Jaak Vilo sõnul oli ameeriklaste artikli ilmumise ajal neil ajakirjas Bioinformatics ootejärjel artikkel, mis näitab, et geenidoonorite andmete anonüümsust on võimalik siiski kaitsta.

See põhineb Eestis leiutatud ühisarvutussüsteemil Sharemind, mis võimaldab delikaatsete andmete põhjal arvutusi teha niimoodi, et eri andmekogud omavahel andmeid ei vaheta. Täna on geeniuuringute puhul see tavaline, et eri keskuste geeniandmed pannakse analüüsiks kokku.

“Meie lahenduse eeldus on selles, et kui vaadata ühe keskuse käes olevat infohulka, siis see ei ütle mitte midagi, see on müra. Sama kehtib ka kahe keskuse puhul, sealt ei näe midagi asjalikku. Andmed peavad lekkima korraga kolmest keskusest, et nende põhjal saaks midagi teada,” ütles Vilo.

Arvutused käivad anonüümsete andmete põhjal, kuid annavad ometi adekvaatseid tulemusi.

Tarkvara tehnoloogia arenduskeskuse, AS Cybernetica ja Tartu Ülikooli koostöös loodud Sharemind on Dan Bogdanovi töö vili. Kohe kaitseb ta selle põhjal doktoritöö.

Bogdanovi sõnul on seda ühisarvutust kasutanud Eesti infotehnoloogia ja telekommunikatsiooni liit oma liikmesfirmade andmete põhjal ühisarvutusteks, ka seal ei soovi keegi, et konkurent saaks andmed enda valdusse. Sharemind võimaldaks näiteks poekettidel ilma üksteise andmeid avalikustamata teada saada, kes on edukaim piima, juustu või küpsiste müümises.

Suured geeniuuringud nõuavad isegi superarvutitelt kõva ragistamist. Kui nüüd kõik andmed krüpteerida, muutub tehtavate arvutustehete hulk veelgi suuremaks.

Vilo sõnul lähevad arvutused tõepoolest aeglasemaks – see, mis varem käis sekunditega, võtaks nüüd umbes minuti. Kuid tema sõnul kasvavad arvutusvõimsused pidevalt ning see ei saa olla takistuseks.

 

Roberto Ferrari/Flickr 12.12.2014 14:39

Vastupidavustreening mõjutab geenilüliteid (2)

Kuidas liikumine kehale head teeb?

kaibara87/Flickr 14.10.2014 14:13

Alzheimeri tõbi areneb ka katseklaasis

Neuroteadlastel õnnestus jäljendada aju laastava haiguse tekkimist.

16.06.2014 16:09

Hõbeda nanoosakesed võtavad sihikule vähi

Üliväikestest hõbeda nanoosakestest loodetakse tulevikumeditsiinis palju – nende abil saaks viia kasvajate diagnoosimise oluliselt täpsemaks või toimetada ravimeid kehas täpselt sinna, kus neid vaja läheb.

25.04.2014 20:08

Geeniravi taastab kuulmise

Viiruse küljes sisekõrva viidud geen uuendab vigaseid kuulmisrakke.

01.04.2014 14:33

Iidne viirus kontrollib inimese arengut

Ürgviiruse pärilikkusaine annab tüvirakkudele eristumisvõime.

19.03.2014 14:56

Mikroobid avastavad soolehaigusi

Muundatud geen annab bakteritele hea mälu.

17.02.2014 17:19

Spordipõlgus on pärilik (1)

Tugitoolisportlaseks sünnitakse.

13.02.2014 13:43

Kuidas ennustada vananemise kiirust?

Eluea pikkuse määrab mitokondrite töörütm.

05.02.2014 17:54

Eri suuruses närvivõrgud töötavad sama tõhusalt

Suurem hulk neuroneid ei pruugi liigutusi kiiremaks muuta.

17.01.2014 14:37

Ameerika mainekas teadusajakiri hindas Tartu molekulaarbioloogide tööd aasta läbimurdeks

Raku jagunemistsüklit juhtiva valgu töö detailne kirjeldus võib viia edasiminekuteni tehislike ja programmeeritavate rakkude loomisel.

09.01.2014 16:17

Ravimi abiga absoluutseks kuuljaks

Meeleoluhäireid ja langetõbe leevendav tablett muudab õppimise lapsemänguks.

27.12.2013 23:10

Tuttavate näod ei püsi meeles? Süüdi on geenid

Väike muutus hormooniretseptori geenis teeb nägude meeldejätmise raskeks.

18.12.2013 13:56

Iga nina tunneb lõhna erinevalt

Kas lõhn on meeldiv või vastik, sõltub tibatillukestest erinevustest inimese DNAs.

04.12.2013 16:37

Meestele mõeldud beebipill võib apteeki jõuda kümne aasta jooksul

Hormoonivaba tablett püüab spermid seemnejuhasse lõksu.

02.12.2013 15:00

Teadusajakiri võttis tagasi GMO-maisi ja vähki seostava vastuolulise artikli (2)

Andmete võltsimise kohta tõendeid ei leitud, kuid kirjastaja hindas tõendusmaterjali liiga nõrgaks.

28.10.2013 15:45

Näojooni kujundab rämps-DNA (1)

Vildakalt töötavad geenivõimendid võivad tekitada jänesemokki ja hundikurke.

Myriam Sanchez Foseca 13.10.2014 11:21

Teadlased tuvastasid söömishäireid mõjutava valgu (3)

Võimalik, et varsti saab söömishäireid diagnoosida vereanalüüsi abil.

03.06.2014 16:48

Iga neljas riskantset geenivarianti kandev suitsetaja haigestub kopsuvähki

Rinnavähiga seostuv muutus geenis BRCA 2 ning suitsetamine on tõeliselt ohtlik komplekt. Iga neljas suitsetaja, kellel on just see pärilik geenivariant, haigestub oma elus varem või hiljem kopsuvähki.

10.04.2014 18:37

Geenimanipulatsioon lubab elundeid uuendada (1)

Vananeva hiire harkelund muudeti uuesti nooreks.

28.03.2014 21:20

Valmis esimene tehislik pärmikromosoom

Laboris luuakse ühe keerukamaid eluvorme.

20.02.2014 18:53

Videomängija aitab haigustekitajaid avastada

Blu-ray kettad sobivad DNA-kiipide loomiseks.

16.02.2014 12:50

Väikese poisi geenid toovad selgust Ameerika asustamise loosse

Kust olid pärit Ameerika põlisrahvaste esivanemad?

12.02.2014 17:33

Eestlaste ja mehhiklaste andmed olid vaatluse all maailma suurimas geeniuuringus

Seni suurim täiskasvanuea diabeedi pärilike põhjuste uuring võrdles esimest korda eri rassidest inimeste andmeid.

03.02.2014 12:21

Uus test leiab klamüüdianakkuse 20 minutiga (2)

Eesti teadlased on välja töötanud uue lihtsa meetodi maailmas kõige sagedasema sugulisel teel leviva nakkuse, klamüüdia avastamiseks.

10.01.2014 20:31

Gruusia kadunud kuninganna otsingutega liitusid geneetikud (2)

Neljasaja eest Pärsias surnuks piinatud grusiinide kuninganna Ketevani säilmed võivad olla leitud, näitab pärilikkusaine analüüs.

28.12.2013 12:34

Eesti südamejuustu katsetati Moskva ülekaalulistel (1)

Eesti teadlaste leiutatud südamejuust langetab ülekaaluga kimpus olevate patsientide organismi veesisaldust ja vererõhku, näitasid Moskvas tehtud katsetused.

23.12.2013 15:53

Ida-Euroopa juutide päritolu sai selgemaks

Slaavi esiisa hüpotees ortodokssete juutide sugupuus osutus veaks.

13.12.2013 15:56

Spermatosoidist tehti robot

Seemnerakke saab juhtida nanotorude ja magnetiga.

03.12.2013 17:34

Rahuldamatus lühendab elu (2)

Seks on terviseks. Vähemalt äädikakärbeste puhul.

19.11.2013 17:52

Meie kehas pesitsevad neandertallastelt päritud viirused (3)

Osa inimese rämps-DNAst pärineb meie kaugeid eellasi rünnanud haigustekitajatelt.

 
Küsi teadlaselt
Teatavasti vee ruumala paisub nii soojenemisel (aurustumisel) kui ka jäätumisel. Oletame, et on üks anum, mis on vett täis ja on purunematu. Mis hakkab juhtuma siis, kui sundida sellel veel jäätuda?
Jaak Kikas, Tartu ülikooli füüsika instituudi direktor :

See on huvitav küsimus, millele täpse kvantitatiivse vastuse andmine polegi nii lihtne. Üldiselt aga võiks vastata nii: kui paisumisvõimalus puudub,

Loe edasi!
Esita küsimus Kõik
Tartu Ülikool
Idee
Veider teadus