Uus masin sekveneerib inimgenoomi paari tunniga

Floridas toimunud konverentsil tutvustati uut ülikiiret sekveneerimismasinat.

Ettevõte Pacific Biosciences lubas turule tuua masina, mis sekveneerib inimese genoomi kõigest 15 minuti jooksul. Sekveneerimismasina esimene versioon seda uskumatuna tunduvat eesmärki siiski veel ei täida, kuid suudab hiigelsuure andmemahu analüüsida siiski paari tunniga, kirjutas Technology Review.

Ettevõte tutvustas masinat genoomiuurijate kokkusaamisel Floridas. Ettevõtte Pacific Biosciences näol on tegemist ühe enim kõmu tekitanud ettevõttega, kuna 266 miljonit dollarit riskikapitali kogunud firma on reaalajas üksiku DNA molekuli lugemist võimaldava tehnoloogia ainuomanik. Technology Review on ettevõtte arvanud ka oma 50 maailma kõige innovatiivsema ettevõtte nimekirja.

Ettevõtte teatel on nad juba kümme masinat müünud hinnaga 695 000 dollarit masina kohta, rida geeniuurimiskeskusi on veel ootenimekirjas.

2008. aastal toimunud konverentsil tegi ettevõtte asutaja Stephen Turner esmakordselt oma paljukorratud avalduse, mille järgi tema ettevõte suudab ehitada masina, mis sekveneeriks kogu inimese genoomi vaid 15 minutiga.

Praegune masin seda siiski veel ei suuda. Masinal läheb inimese genoomi sekveneerimiseks kaks-kolm tundi. Ettevõtte esindajad loodavad, et „15 minuti genoomiks“ on suuteline masina järgmine versioon.

Ettevõtte esindajad nimetavad uut masinat esimeseks kolmanda põlvkonna sekveneerimistehnoloogia esindajaks. Ettevõtte tegevjuhi Hugh Martini sõnul muudab masina senistega võrreldes järgmisele tasemele kuuluvaks väiksemad kasutuskulud, kiirem töö ja loetavate järjestuste suurem pikkus.

Masina puuduseks on suurus – see kaalub üle neljasaja kilogrammi ning on üle kahe meetri lai. Järjestuste reaalajas lugemise jaoks on vaja veel eraldiseisvat lisaseadet. Kriitikud toovad välja ka, et masinat tutvustanud Martin vältis hoolikalt masina vigade tegemise sageduse väljaütlemist.

PacBio masin saab peagi ka konkurente. Martini väljatoodud kolmanda põlvkonna masina omadused täidavad ka näiteks ettevõtete Oxford Nanopore, Life Technologies ja Halcyon praegu väljatöötamisel olevad seadmed.

Mitmed eksperdid jäävad PacBio saavutuste osas skeptiliseks. Paljudele on ettevõte silma jäänud just eelkõige suuremahuliste reklaamikampaaniate ja tootetutvustustega ning uskumatuna tunduvate lubadustega hüpoteetilise masina võimsuse kohta. Tegelike saavutuste kohta on aga hetkel veel raske midagi öelda, sest esimesed seadmed alles jõuavad klientideni ning tagasiside masinate töövõimsuse kohta esialgu puudub. On vaid suured lubadused ja kõrged ootused.

• Tweet