Milleks seentele Facebook?

Kui seenekorjaja suudab metsas kukeseente, puravike, riisikate ja pilvikute seas veel orienteeruda, siis seeneteadlaste elu on märksa keerulisem.

Mükoriisaseeni, mis kasvavad kasulikus koostöös taimejuurtega on maailmas vähemalt 20-25 000 eri liiki ja nende hulgas orienteerumine on väga keeruline. Seda enam, et paljud neist seentest on paljale silmale nähtamatud.

Hiljuti Tartu Ülikoolis doktorikraadi kaitsnud Kessy Abarenkov lõi töövahendi PlutoF, mis seeneuurijate elu oluliselt lihtsamaks teeb. Aga mitte ainult seeneuurijate, kaugemas tulevikus võiks kogu Eesti eluslooduse kohta kogutud info olla selle platvormi abil kättesaadav.

Kas PlutoF näeb välja nagu Facebook? Mõnevõrra. Seal on seenest tehtud pilte, liiginimi, seene elukoht, ehk paik, kust seda on leitud. Siin võrdlus ka lõppeb. PlutoF ei ole lihtsalt lõbus mänguasi, vaid mõeldud seeneuurijate töö lihtsustamiseks.

Abarenkovi viie aasta töö vili on pilve põhimõttel töötav eluslooduse andmebaaside ja analüüsiplatvorm, kus mahukamaid arvutusi teevad Tartu Ülikoolis asuvad serverid ja arvutuskeskus. Infot on andmebaasi võimalik lisada üle veebi igast maailma paigast, kasvõi metsast iPadiga.

Seeneteadlased teevad seeneliikidel vahet pärilikkusaine abil. Selleks analüüsitakse ribosomaalse DNA üht regiooni, mis on piisavalt muutlik, et liike eristada.

Kõik sel viisil määratud seened maanduvad rahvusvahelises andmebaasis UNITE.

Kuid isegi siia võivad sisse sattuda eksimused. “DNA eraldamisel on võimalik, et kahe eri liigi geenijärjestused kombineeruvad ning saadud kimäär määratakse uue liigina,” ütles Abarenkov. “Nende tuvastamine on väga töömahukas.”

Hiljuti avaldasid Tartu Ülikooli teadlased professor Urmas Kõljala juhtimisel ajakirjas PLoS ONE artikli, milles leidsid rahvusvahelisest seente geenijärjestuste andmebaasi rohkem kui 35 000 järjestuse hulgast ligi 700 sellist, mis kirjeldasid hoopis kimääre ja veel ligi 2200, mille kvaliteet oli vilets. Selle analüüsi töövahendiks oli just PlutoF.

Ülikoolis hallatavas seente geenijärjestuste andmebaasis on üle 200 000 järjestuse, sh seente viljakehadest kirjeldatud 1116 liiki 149st seeneperekonnast. Esindatud on nii kukeseened kui majavamm. Seeneriik on kaetud maailma eri paigust Gröönimaast Tasmaaniani.

Abarenkovi sõnul on edasi võimalik PlutoFist hallatavaks viia kõik Eestis loodavad elurikkuse andmebaasid – seened, loomad, linnud, taimed, putukad. Ühes kohas koos oleks nii laborites saadud andmed, looduses tehtud vaatlused kui kaardirakendus, mis võimaldab looduses uusi vaatlusi sisse kanda. Kui kõik sellised andmed on koos, siis on selle andmebaasi pealt võimalik teha suuri üldistusi tegevaid arvutusi, seda juba Tartu Ülikooli arvutuskeskuse aurumasinatel.

Selle tuleviku esimeseks väljaandeks on eElurikkus, kus kuvatakse integreeritult PlutoFis hoitavate andmebaaside infot. Praegu on lisaks seeneuurijatele PlutoF juba ka putuka-, linnu-, ja taimeuurijate arsenalis.

Siiski ei ole andmebaasis muutuste tegemine võimalik igaühel. Eluslooduse klassifikatsiooniandmeid saavad muuta vaid piiratud arv eksperte, loomade kohta kogutut omakorda haldavad teatud kindlate asutuste töötajad, seente geenijärjestusi saavad lisada ainult UNITE töörühma teadlased.

Muide, kust tuleb keskkonna nimi PlutoF? Kui Abarenkov oma tööd alustas, siis oli Pluuto just planeetide nimistust välja heidetud. “Mul oli tast kahju,” tunnistab ta. F ei tähenda siiski Facebooki, vaid oli lihtsalt esimene täht, mis tundus Plutoga sobiv.

• Tweet